OFESデータの切り出し

ウナギ（Anguilla japonica）とヨーロッパウナギ（A. anguilla）の仔魚を対象とした粒子追跡．

既にストーリーは出来ていたんだけど，

せっかくOFESデータに水温があるので，粒子の経験水温も見たい！

ってことで，部門会議後は経験水温も出力できるようにプログラムをいじる．

で，できるようになった．

あとはシミュレーションさせるだけ．．．

なのだが，むちゃくちゃ時間がかかる．

ウナギの場合，

17緯度×7経度×3年×3ヶ月=1071シミュレーション行う．

1シミュレーションが約10分かかるので，

トータル10710分=7.4日

つまり一週間．

ヨーロッパウナギの場合，

9緯度×25経度×3年×3ヶ月=2025シミュレーション

1シミュレーションが約15分かかるので，

トータル21.1日＝約3週間

たしかに前やった時もかなり時間かかったな～．

大西洋のほうは正月休み返上でiMacに働いてもらった．

で，そんなに待てるか！！ってことで，

どうにか時間を短縮できないか．．．．．

条件を減らしたくはないので，1シミュレーションにかかる時間を短くするしかない．

そのためには読み込むOFESデータの1ファイル容量を小さくするしかない．

そうか，粒子追跡で使う領域だけ切り出せば，

シミュレーションの際，読み込みにかかる時間を大幅に短縮できる！

ということに今更ながら気がついた！！

北太平洋のOFESデータは，

東経110度～西経80度，南緯10度～北緯70度の範囲を

0.1度格子で

水温，塩分，流速（u,v,w）データが入っている．

鉛直的には54層．

ウナギのシミュレーションに使う範囲は，バッファーを考えても，

東経110度～日付変更線，南緯10度～北緯70度の範囲．

鉛直的にも26層目（約300m）まであれば十分．（図のピンクの部分）

ようは図のピンクの部分だけが必要なのに，今まで無駄にデータを読み込んでいた訳www

同じ要領で北大西洋のOFESデータも26層目まで切り出す．

試しにプログラムを回してみると，

ウナギ：1シミュレーション4分

ヨーロッパウナギ：1シミュレーション10分

おおお～．

これで

ウナギ：約3日

ヨーロッパウナギ：約14日

（7.4+21.1）-（3+14）=11.5日も短縮！！

切り出し作業に丸1日かかったけど，十分にもとが取れました～♪

もっと早く着手していればよかった．．．．